Pedro, o "Príncipe dos Apóstolos", fosse declarado o padroeiro da diocese, em homenagem à cidade de Tupã, cuja Matriz tem o mesmo padroeiro.

A chegada de Dom Daniel — Em 1969, Dom Hugo, aos 71 anos de idade, pediu à Santa Sé um bispo auxiliar. O nome escolhido pelo Papa Paulo VI foi o do Frei Daniel Tomasella, frade capuchinho, nomeado bispo auxiliar em 6 de setembro de 1969. A ordenação episcopal ocorreu em 8 de dezembro do mesmo ano, na igreja Imaculada Conceição, em São Paulo. Dom Frei Daniel Tomasella tomou posse como bispo auxiliar (com direito à sucessão) doze dias após a sua ordenação.
Em suas primeiras reuniões com o clero, Dom Frei Daniel dividiu a diocese em três Regiões Pastorais e, em cada uma delas, colocou um coordenador de pastoral. As sedes das três Regiões são, até hoje, as cidades de Marília, na Região I; Tupã, na Região II; e Dracena, na Região Pastoral III.
No mês de janeiro de 1975, Dom Frei Daniel foi nomeado bispo coadjutor da diocese, a pedido de Dom Hugo. O bispo diocesano foi atendido pelo Santo Padre, que também nomeou Dom Frei Daniel como administrador apostólico "Sede Plena". A posse foi marcada para o dia 10 de fevereiro do mesmo ano. Ainda em 1975, Dom Hugo Bressane pediu renúncia do cargo de bispo diocesano e passou a ser o primeiro bispo emérito da diocese, permanecendo até junho de 1988, quando faleceu.